Alekszandra beillszkedése a cári családba azonban egyáltalán nem volt zökkenőmentes, sőt inkább onnantól kezdve, hogy új környezetébe került, folyamatos küzdelmeket folytatott anyósával. A két asszony közötti küzdelem odáig fajult, hogy Alixot fulladási rohamok és légszomj kínozták, amelyből kifolyólag állapota annyira rosszra fordult, hogy gyakran tolószékben tudott csak eleget tenni uralkodói kötelezettségeinek. A párnak öt gyermeke született: 1895-ben Olga, 1897-ben Tatyana, 1899-ben Marija, 1901-ben Anasztazija, 1904-ben pedig Alexej. Legkisebb gyermekének születése átmeneti békét hozott a cári családba, mivel biztosítani tudta a megfelelő utódot számukra, azonban a kezdeti nyugodalmas időszakot újabb negativizmus váltotta fel, mivel kiderült, hogy Alekszej örökölte anyja anaemiáját. Alix kálváriája az I. világháborúban is folytatódott, mivel a népe szeretetét továbbra sem volt képes elnyerni, hiába küzdött érte még olyan formán is, hogy kiképezte magát ápolónőnek és leányaival együtt a háborúban megsebesült katonákat ápolta, fittyet hányva arisztokrata származására. Az ellenszenvet csak tovább súlyosbította bennük, hogy 1905-ben megismerték Rasputint, akiért az első pillanattól kezdve rajongtak férjével, mivel úgy vélték, hogy a látnok hatására hoz mind rosszabb döntéseket. Részint aztán ennek is köszönhetően történt meg az, hogy 1917 februárjában a bolsevikok fogságba ejtették Alix cárnét a családjával, majd másfél évvel később, 1918. július 16-án sortűz által hideg vérrel kivégezték őket, holttestjeiket pedig lepedőve csavarva savval leöntötték, végül kettőt el is égettek közülük. Az ily módon meggyalázott testeket aztán eltemették a Jekatyerinburg mellett lévő erődben, névtelen sírba.
Habár az igaz, hogy Alix cérné viselkedése végeredményben hozzájárult a cári rendszer felbomlásához, abban tudósok egyet értenek, hogy a bolsevik reakció erre nem volt épp a leghelyesebb, mivel a család kivégzésével jogtiprást követtek el, ami megkövetelte a holttestek újra temetését. Jelenlegi sírhelyük a szentpétervári Péter-Pál Székesegyház kriptájában, a család valódi temetkezési helyén található. Alekszandra Fjodorovnát és családját halálának 63. évfordulója alkalmából 1981-ben szent mártírokká, 80 évvel később, 2000-ben pedig szentté avatták orosz ortodox egyházi szokások szerint.